皇甫谧是我国古代历史文化名人，在医学、文学、史学、天文、历法等方面都颇有建树，被世人尊称为世界针灸医学鼻祖，是伟大的文学家、史学家、哲学思想家和医学家。
他博学典籍，惟以著述，今存其一，有篇目者18种，其中史学4种，如《帝王世纪》、《郡国志》、《国都城记》、《三都赋序》；文学3种，即《皇甫谧集》、《玄晏春秋》和《*谷子注》；历法2种，即《年历》、《(阴阳历术》；传记3种，《高士传》、《逸士传》、《烈女传》；论集4种，即《玄守论》、《释劝论》、《笃终论》、《寒石散论》；医学3种，《针灸甲乙经》、《皇甫士安依著方撰》、《皇甫谧曹翕论寒食散方》。“考晋时，著书之富者，唯皇甫谧也。”（李巨来《书古文尚书院冤词后》）
医学贡献
他将《素问》、《针经》(即《灵枢》)、《明堂孔穴针灸治要》纂集、综合，“删其浮辞，除其重复，论其精要，结合临证经验，纂辑成《*帝三部针灸甲乙经》，也称《针灸甲乙经)，简称《甲乙经》。是我国现存最早的系统性针灸专著之一，奠定了针灸学的基础，是医学领域一座丰碑，为发展针灸学作出了震古炼今的重大贡献。该书十二卷一百二十八篇，内容涉及内、外、妇、儿、五宫科，包括脏腑、经络、腧穴、病机、诊断、治疗，针灸操作、禁忌事项等，及上百种病症及针灸治疗经验。保存了早已亡佚的《明堂孔穴针灸治要》的内容，大量填补了《内经》所载的腧穴，记载了全身穴位个，穴名个，较之《内经》中仅载余穴，增加了近个穴位。
对十四经腧穴作了全面系统的归纳整理。明确了穴位的归经和部位，统一了穴位名称，区分了正名与别名。将穴位在四肢做手三阴三阳经、足三阴三阳经排列，及头面躯按头、背、面、耳、颈、肩、胸、腹排列，使经脉穴理论结合了起来。对针刺技术进行具体论述，规定头面、胸腹、肩部的针刺深度，保证针刺安全，规定近个穴位记述了留针时间，论述了补泻手法。最早记载了交会穴，即有二条以上经脉在该穴上互相交会，还对每一腧穴取法、何经所会、何经脉所发、主治证、操作方法、禁刺、禁灸以以及误刺或误灸所导致的不良后果等都作了详细载述，并纠正了以前的谬误。开晋以前古医藉所未有，大量记述二百多病证的多个针灸治疗处方，多是一病一穴或一症一穴的治疗单方，且处方中具体指明穴位而不像《内经》只说取某经脉。对五脏与五官关系、脏腑与体表器官关系、津液运行、病有标本、虚实补泻、天人相应、脏腑阴阳配合、望色察病，精神状态、音乐对内脏器官的影响等问题都作了探讨和理论上的阐述。至今，我国的针灸疗法，虽然在穴名上略有变动，而在原则上均本于它。
唐朝初年，《甲乙经》传入西域。公元年，吴人知聪携带《明堂图》、《甲乙经》等书到日本，公元年，日本制定医药职令《大宝律令》、《疾令》等法典，明确规定《甲乙经》是医学针灸学的必修课目。公元年，朝鲜国设立医学博士，《甲乙经》是其学习中国医学和针灸的必修课。欧洲、法国医学界也把《甲乙经》作为主要的针灸教材进行学习。
目前，《甲乙经》被多个国家临床应用，被国际针灸协会列为针灸医学工作者必读的经典著作之一，以英、俄、日、德、法、西班牙等文本广泛传播。
史学贡献
对三皇五帝到曹魏数千年间的帝王世系及重要事件，作了较为详尽的整理，在史前史研究领域进行了大胆的探索和尝试，把史前史的开端推到了“三皇”时代，并对“三皇五帝”提出了自己的观点，认“三皇”有两种说法:一是天皇氏、地皇氏、人皇氏；另一种说法是伏羲、神农、*帝。“五帝”是少昊、高阳、高辛、唐尧、虞舜，把中国历史起源的时间提前到上古时代；对前人以及《史记》中语焉不祥的历史事实尤其是“三皇五帝”的世系纪年及重大活动进行了补充和考证；对历史上地方名称的前后变更及一个民族或王朝迁徙地名的变化作了较详尽的考证；第一次对历代土地、人口情况进行了较为详尽的统计和分析，整理保存了许多宝贵的资料；将历史人物放到一定的社会历史条件下进行考察，肯定了历史人物在历史前进中的作用。重视经济史、史前史的思想是中国思想史上的宝贵历史遗产。
哲学贡献
继承了先秦以来一元论的哲学观点，认为气是构成万物生命的根源。人为廪气而成。人死后，形体消亡，精神就不存在了，“精歇形散”(《晋书·皇甫谧传·笃终论》)。阐述了梦是或因为某些因素的刺激，或是有些情绪变化没有消除，或出于生理器官有病等才“使人卧不得安而喜梦。”《针灸甲乙经》卷六)，且由于刺激的原因或有病的器官不同而梦有所不同。表达物质第一、精神第二，存在决定意识等唯物主义观点。
皇甫谧不仅认识到自然界是物质的，而且看到了一切事物都在阴阳两气的矛盾中发展变化，促进了万事万物的盛衰荣枯和社会历史的演化和进步。《甲乙经五脏变腧》:“故阴阳者，万物之始终，顺之则生，逆之则死。”世界上的事物都是矛盾的统一体，“一明一味，得道之概:一弛一张，合礼之方；一浮一沉，兼得其真”(《皇甫谧·释劝论》）。还认为事物矛盾双方不停地转变，促成事物的发展和进步。在《释劝论》中，他进一步阐述阴阳转化的观点“是以寒暑相推，四宿代中，阴阳不治，运化无穷，自然分定，两克厥中”。阴阳不断转化，同时又相互制约。表达了朴素的辩证法思想。
他哲学观中的朴素唯物主义与辩证法思想、社会观中重史实，强调遵循社会发展规律的观点是中国思想史上的宝贵历史遗产。
文学贡献
他文学著述，诗诔赋颂，藏珍纳萃，字字珠玑，在文学领域独树一帜。提出了文章的思想性及社会教育作用，要比“美”和“丽”更重要，反对言过其实，浮夸竞兴，博言空类。且许多文章中还保存了珍贵的历史资料，历史价值远远大于文学价值。文章风格犀利，对仗工整，音语铿锵，结构严谨，故事性强，人物形象生动，思想性和艺术性俱佳，对后世文学的发展起到很大的积极作用。
其他贡献
树立实验医学典范。他尊重科学，重视实验，经常以身试针，曾为探索寒食散的医疗作用，亲自服食。
培养大量人才。其门人挚虞、张轨、牛综、席纯等皆为晋代名医。挚虞是西晋著名文学家、批评家，张轨是前凉*权的建立者。